1. 硝酸纖維素膜
硝酸纖維素膜是蛋白印跡**廣泛使用的轉移介質，對蛋白有很強的結合能力，而且適用于各種顯色方法，包括同位素，化學發光（Luminol類）、常規顯色、染色和熒光顯色；背景低，信噪比高。NC膜的使用也很簡便，比如不需要甲醛預處理，只要在無離子水面浸潤排出膜內氣泡，再在電泳緩沖液中平衡幾分鐘就可以了；比如NC膜很容易封閉，也不需要特別嚴謹的清洗條件。轉移到NC膜上的蛋白在合適的條件下可以穩定保存很長時間，不過要注意的是純的硝纖膜在比較脆，又容易卷，操作要小心，不適合用于需要多次重復清洗的用途--因為經不起多次“折磨”。選擇硝纖膜時要注意的是選擇合適的孔徑，通常20KD以上的大分子蛋白用0.45um孔徑的膜，小于20KD的話建議選擇0.2um的，如果小于7KD的話**好選擇0.1um的膜。另外還要注意選擇純的NC膜--混有含醋酸纖維（CM）的NC膜結合力會有所降低。另外提醒一句：由于NC膜上結合的蛋白會因為一些去污劑而被代替，因此在封閉時**好使用較溫和的Tween20，而且濃度不要超過0.3%（據說0.05%效果**好）。一般而言，NC膜越純，其蛋白結合能力就越高，所以要增加WB的靈敏度和分辨率，提高所使用膜的純度是個可以考慮的選擇。如果NC膜攙雜一些醋化纖維素--這在前面已經提到，會影響蛋白質結合。Protran由于是純NC膜，比較脆，機械耐受力欠佳，需要小心操作，如果擔心自己“粗手粗腳”，那么就可以考慮一下Optitran或者Pall公司的以耐受力著稱的BioTrace NT Nitrocellulose Transfer Membrane。卷膜肯定是**實惠的選擇，只不過要自己動手裁剪--切記，必須帶手套操作。
2. PVDF膜
與硝酸纖維素膜相比，PVDF膜在蛋白質截留能力，機械強度和化學相容性上都更優越的性能。市售硝酸纖維素膜的典型結合量是80-100μg/cm2,而PVDF膜結合量是100-200μg/cm2（而結合強度PVDF比硝纖膜強6倍！）。但是PVDF膜**大的優點不僅于此：更好的機械強度和化學耐受性使PVDF膜在各種染色應用和多重免疫檢測中成為理想選擇；而且單個凝膠的泳道復本可用于多種目的，特別是需要做N端蛋白測序，在相當“嚴酷”的清洗條件下，當尼龍或者硝纖膜已經降解的情況下PVDF膜依然保持本色，笑傲江湖。所以PVDF也是要做蛋白測序的**選擇。但不適合熒光。PVDF膜特別注意的是需要100%甲醇預處理（不超過15秒）再用緩沖液平衡，才能用，而且適用過程中萬一干了也要同樣程序再處理（不過要真出現這種問題也是自己欠扁，誰要你不小心呢，轉膜前處理也就罷了，轉膜后再這樣處理可能會影響后繼的抗體識別呢）。PVDF膜同樣分0.45um和0.2um的，后者孔徑小，對小分子蛋白有較好的攔截吸附，背景可能會比前者稍高。
卷膜經濟實惠，裁剪剩下的邊角料還可以用來做點雜交。再次強調的是，疏水PVDF膜在用前必須經過50%或以上體積比的甲醇或者乙醇溶液處理幾分鐘，待膜變成半透明后用純水漂洗一下，轉入電泳緩沖液平衡才能用。
