DNA測序可以看作是三種技術或步驟的組合：

• 步驟1：通常通過基于PCR的技術生成DNA片段
• 步驟2：通過毛細管或常規瓊脂糖凝膠電泳分離片段
• 步驟3：檢測步驟，最常見的是熒光檢測。 

水質對每個步驟的影響將在單獨的部分中介紹。

這里簡要介紹了水質的影響。用于操作DNA測序儀的水質應符合某些質量標準，以優化測序過程。

無核酸酶的水
建議使用無核酸酶的水，以避免在DNA測序的所有步驟中DNA降解。使用超濾設備可以有效地去除核酸酶（請參閱無RNase的水部分）。使用點超濾濾芯可以安裝在凈水系統的出口，以根據需要提供無核酸酶的水。

有機物
有機物是DNA測序中最具破壞性的污染物。實際上，有機物的高負載會損害毛細管內部或較大凝膠中的凝膠電泳過程。天然物質降解產生的大型有機酸，例如腐殖酸和富里酸，在電泳過程中可能與DNA片段共洗脫，并且在PCR步驟中也會干擾聚合酶的效率。另外，更常見的是，某些有機物會干擾熒光檢測并導致所分析目標DNA測序的錯誤。實際上，大多數測序技術都是基于對附著在DNA片段上的熒光染料的檢測。熒光吸收和猝滅有機分子的存在會干擾檢測。

為了確保用于DNA測序的高純水的有機純度，建議使用總有機碳含量較低的有機碳，即總有機碳（TOC）。在高純水凈化系統中，TOC的規格<5 ppb（µg / L）。

離子
在PCR步驟中，需要仔細調節某些離子（例如鎂）的含量，以優化聚合酶的效率。必須除去其他離子，鎘和一些其他二價陽離子，以防止抑制聚合酶。當所用的水具有高純度且不包含未知濃度的離子時，也可以最好地獲得和控制電泳過程中所需的離子力。

高電阻率（18.2MΩ•cm）確保水中的離子含量低（總離子濃度低于1 µg / L）。高純度水凈化系統旨在按需提供連續的高電阻率水。

細菌
細菌可以在水中釋放核酸酶，因此，應將其去除以避免核酸降解。細菌還會釋放出可能干擾目標DNA片段電泳分離的DNA。另外，如前所述，細菌會釋放離子和有機物，這兩種污染物都會干擾DNA測序。

通過在整個凈化過程中結合技術和維護建議，可以使用水凈化系統控制細菌的水平。膜技術，絕對微濾或超濾為0.2 µm，可在交貨時去除細菌，并確保細菌水平<0.1 cfu / mL。254 nm的殺菌紫外線。

總體而言，在測序步驟中，水質應符合以下標準：

• 無核酸酶
• 高電阻率（18.2MΩ•cm）
• 有機物含量低（TOC <5 ppb）
• 低細菌數（<1 cfu / mL） 

DNA測序儀制造商還使用水來制備毛細管。水質對于該步驟很重要，盡管科學家在購買設備時對毛細管制備沒有太多控制。